En la actualidad, Gregorio Álvarez suma tres jubilaciones de tres cajas distintas: la Civil, la Militar y la de Industria y Comercio. Desde su pase a retiro, el teniente general percibe una remuneración superior a los $ 50.000 por el grado con que se retiró del servicio activo.

En el año 2006, el entonces senador Leonardo Nicolini (MPP) cursó un pedido de informes al Ministerio de Defensa Nacional solicitando datos acerca del monto de la jubilación que se le pagaba a Álvarez como retirado militar. El entonces subdirector del Servicio de Retiros y Pensiones de las Fuerzas Armadas, coronel Álvaro López, le informó por escrito que "el señor Teniente General en situación de retiro don Gregorio Alvarez, C.I. N°. 451.183-5, revista en las planillas presupuestales de Retirados Oficiales Generales y Superiores de las Fuerzas Armadas, percibiendo una pasividad nominal de $ 51.037,37 y un líquido legal de $ 47.822,02".

Además, Alvarez cobra una jubilación por su condición de "patrón de pastoreo", como figura ante el Banco de Previsión Social (BPS) por sus actividades rurales. Este ingreso estuvo regulado en su momento por la Caja Rural, que luego pasó a formar parte de la Caja de Industria y Comercio.

Asimismo, hasta el presente Álvarez percibe una jubilación como ex presidente de la República.