A partir del retorno de la democracia, en 1985, la vida pública de Juan María Bordaberry comenzó a describir una órbita de denuncias y procesos judiciales por crímenes cometidos durante la dictadura. Esos procesos se extinguen con su muerte.
"Tiene 78 años, vive en el campo, está jubilado, escribe y lee, los domingos incondicionalmente va a misa a la única capilla en Uruguay que reza la misa según el rito tradicional de San Pío V, hace 40 años que tiene un solo pulmón, debe dormir sentado por problemas digestivos, toma 12 medicamentos diferentes por día y se agita de subir 10 escalones seguidos".
Así describía Santiago Bordaberry la situación de su padre en noviembre de 2006, en una carta a los carlistas españoles, en momentos en que Juan María Bordaberry acababa de ser procesado por el juez penal Roberto Timbal, por los asesinatos de los legisladores Zelmar Michelini y Héctor Gutiérrez Ruiz y también por la muerte de los militantes tupamaros Rosario Barredo y William Whitelaw, hechos ocurridos 30 años antes en Buenos Aires.
Era el primero de los procesos a que fue sometido Bordaberry en el curso de los años siguientes. La sentencia condenatoria no llegó a dictarse hasta el momento de su muerte.
La denuncia original por los cuatro asesinatos había sido presentada al reanudarse la democracia, en 1985, y tras ser archivada, en 1989, durante la primera Presidencia de Julio María Sanguinetti, fue reabierta en 2002 por las familias Michelini y Guitiérrez Ruiz.
Un mes después de ese procesamiento, el 20 de diciembre de 2006, la jueza Graciela Gatti lo sometió a proceso también, imponiéndole asimismo prisión preventiva, como imputado de los asesinatos de Ubagessner Chávez Sosa y Fernando Miranda, cuyos restos fueron hallados en 2005 como consecuencia de las excavaciones en predios militares ordenadas por el Poder Ejecutivo en cumplimiento del artículo 4º de la Ley de Caducidad.
En la causa fue procesado también por otros ocho asesinatos, en las personas de José Arpino Vega, Eduardo Pérez, Luis Eduardo González, Juan Manuel Brieba, Carlos Arévalo Arispe, Julio Correa Rodríguez, Otermín Montes de Oca y Horacio Gelós Bonilla, detenidos que aún permanecen desaparecidos pero que la jueza Gatti entendió debían ser considerados fallecidos a efectos de este proceso.
Todos estos hechos ocurrieron durante su período de gobierno. La jueza Gatti declaró, empero, prescripto el delito de "atentado a la Constitución" que se le atribuía, por haber perpetrado el golpe de Estado del 27 de junio de 1973.
PRISIÓN DOMICILIARIA. El 23 de enero de 2007 Bordaberry, que se hallaba entonces recluido en Cárcel Central, fue internado en un hospital de Montevideo, aquejado de serios problemas pulmonares.
Teniendo en cuenta su estado de salud, el juez Pablo Eguren le otorgó el beneficio de la prisión domiciliaria, por lo que desde el 27 de enero pasó a cumplir su detención en el domicilio de uno de sus hijos, en Carrasco.
El 7 de febrero del 2008, el BPS le suspendió la jubilación que percibía como ex Presidente de la República.
Entre tanto, la causa contra Bordaberry por atentado a la Constitución, que había sido apelada, siguió su trámite.
En el año 2009, la jueza Graciela Gatti -que había considerado prescripto ese delito- fue designada en una de las sedes especializadas en crimen organizado y la causa quedó en manos de la jueza Mariana Mota, quien emitió su fallo en febrero del año pasado.
La sentencia supuso la primera condena en América Latina por un golpe de Estado.
"En el ámbito internacional, especialmente en Latinoamérica, este fallo tiene un valor emblemático", comentó en ese momento la abogada Hebe Martínez Burlé, patrocinadora de la acusación.
Bordaberry fue condenado a treinta años de penitenciaría, a quince años de medidas de seguridad, a inhabilitación absoluta por seis años, y a hacerse cargo de los gastos de reclusión.
Bordaberry acudió al juzgado en silla de ruedas y conectado a un tanque de oxígeno, para recibir la notificación del fallo.
Solo un general
La muerte de Bordaberry marca, para algunos analistas y políticos, la extinción de las figuras relevantes de la dictadura que podrían ser acusadas como máximos responsables de asesinatos y desapariciones forzosas. "Salvo Gregorio Álvarez, no queda ningún general de la dictadura vivo, y todos se llevaron la información a la tumba", señaló el periodista y escritor Alfonso Lessa; una información que, por otra parte, "tampoco se documentaba", recordó Lessa a la agencia EFE.
La noticia tuvo una amplia repercusión
Medios de prensa internacionales, incluidas las cadenas de televisión y las agencias, se hicieron eco del fallecimiento de Juan María Bordaberry en sus principales titulares.
BBC Mundo tituló: "Muere Juan María Bordaberry, ex líder del régimen militar uruguayo". El término "ex líder" fue una excepción entre los medios que se decidieron, en su mayoría, por incluir la expresión "ex dictador".
El País de Madrid también resaltó la noticia en su primera página, en un artículo donde señaló que "a diferencia de las dictaduras militares de Argentina, Chile o Brasil, la de Uruguay tenía a un civil a la cabeza".
La agencia AP mencionó en su artículo que "su familia ha denunciado que Bordaberry fue víctima de `presiones políticas` de parte del gobierno del ex presidente socialista Tabaré Vázquez (2005-2010), donde algunos sectores reclaman profundizar la lucha contra los remanentes de la dictadura".