En diciembre de 1999, el fiscal penal de 10° turno, Carlos García Altolaguirre, pidió el archivo del caso Focoex por no encontrar responsabilidad penal.
La investigación judicial que se había iniciado en 1996 analizaba el empleo por parte del Estado uruguayo de un crédito de U$S 200 millones de la empresa española Focoex.
De acuerdo al dictamen judicial, el fiscal constató, sin embargo, irregularidades administrativas del Ministerio de Salud Pública (MSP) en el manejo de parte de esos fondos y carencias de medios periciales.
La investigación judicial de Focoex se basó en el trabajo de una comisión investigadora de la Cámara de Diputados, que concluyó que existieron "irregularidades" pero no "delitos" en la tramitación de las compras a través de Focoex.
El crédito fue utilizado para financiar importaciones de bienes y servicios.
Los fondos fueron utilizados por el MSP, el Ministerio de Educación, el Sodre y la Administración Nacional de Educación Pública (ANEP).
Según consignó el diario El Observador el 28 de diciembre de 1999, la Fiscalía no halló responsable a Nicolini por los faxes falsos (ver nota aparte) que fueron presentados en la investigadora de Diputados.
Una vez conocido el dictamen de la Fiscalía, el ex director de la Administración de Servicios de Salud del Estado (ASSE), Julio Macedo, arremetió contra Nicolini.
En ese momento el ex jerarca dijo que durante "tres años" fue víctima de "calumnias".
El ex titular de ASSE durante el gobierno blanco acusó a Nicolini y al ex diputado Carlos Pita de responder "a un grupo que representa a intereses de la cosa médica".
En declaraciones a El Espectador, Macedo siguió cuestionando a Nicolini.
"El señor Nicolini tenía determinados intereses en que esto sucediera", acotó.
Macedo había acusado ante la Justicia a Nicolini por difamación a partir de las denuncias por el tema Focoex, pero el legislador no compareció porque contaba con fueros.