Las excavaciones comenzaron en el Batallón 13 en abril por el equipo de geomorfólogos de la Facultad de Ciencias. Luego, problemas entre los técnicos de esa Facultad y los de la Facultad de Humanidades llevaron a que el secretario de la Presidencia retirara de las tareas a Ciencias, y la encargara a Humanidades.

Luego de iniciadas las tareas en los batallones, el Ejército dispuso una investigación interna para recabar información entre los militares retirados que pudieran aportar datos voluntariamente.

El 27 de abril se encontraron piezas óseas en el Batallón 13 a unos 30 centímetros de profundidad. Si bien análisis posteriores señalaron que se trataba de restos de origen animal también se informó que por el pequeño tamaño de las muestras no se podría identificar el origen.

El 2 de agosto, luego de recibir información del Ejército del presunto lugar en el cual habría sido enterrada Maria Claudia García de Gelman, el secretario de la Presidencia, Gonzalo Fernández, y el comandante Angel Bertolotti llevaron a Marcarena Gelman al predio y le indicaron dónde estarían los restos de su madre. También fueron jueces y fiscales.

El 9 de agosto comenzaron las excavaciones en el Batallón 14 ante la información proporcionada por el Ejército. El día anterior los comandantes en jefe de las tres fuerzas habían entregado al presidente las conclusiones de las investigaciones.

El 18 de ese mes, el Poder Ejecutivo inició las excavaciones en la chacra de Pando, luego de que la Fuerza Aérea informó que allí estarían enterrados los restos de José Arpino Vega y Ubagesner Chávez Sosa. Esa chacra pertenecía al tupamaro Tito Sclavo. Durante la dictadura fue expropiada por las Fuerzas Armadas y la utilizaba la Fuerza Aérea. Actualmente pertenece a un particular.

La ausencia de hallazgos generó nerviosismo en Presidencia. Durante la gira por Europa de octubre, el presidente afirmó públicamente por primera vez que si "en un plazo razonable" no se hallaban restos de ciudadanos desaparecidos, el Ejecutivo no dictaría la muerte de los ex detenidos, dejando abierta la puerta a que la justicia investigue las desapariciones forzadas.

El titular de la Secretaría de Derechos Humanos argentina, Eduardo Duhalde visitó junto al embajador argentino, Hernán Patiño Mayer el Batallón 14 y recibió una explicación del arqueólogo José María López Mazz sobre los trabajos. Días después el gobierno argentino pidió al juez Norberto Oyarbide la extradición de militares uruguayos.

El 1º de noviembre el presidente Tabaré Vázquez ratificó la confianza en los tres comandantes en jefe, pese a la falta de hallazgos en las excavaciones y señaló que aguardaría la culminación de los trabajos que realizan los antropólogos para definir los pasos que dará.