El virus de covid-19 evoluciona distinto en Uruguay

CIENCIA

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Muchas cosas cambiaron entre enero de 2021 y febrero de 2022. Para empezar, en aquel entonces las variantes extranjeras del SARS-CoV-2 no eran identificadas con letras griegas. Esta medida se adoptó a mediados de año para simplificar las discusiones y para ayudar a eliminar el estigma de los nombres. Hace 13 meses, además, ninguna estaba presente en el país (las de ese entonces pasaron a llamarse después Alfa, Beta y Gamma) hasta que se detectaron por primera vez Beta y Delta y después Ómicrom. Y solo había 400 mil genomas secuenciados en el mundo (reunidos en Global Initiative on Sharing All Influenza Data); hoy hay más de ocho millones.
No obstante, hay algo que sigue presente y sobre lo que ahora se conoce un poco más: una variabilidad genética que, hasta el presente, solo fue detectada en Uruguay.

El equipo liderado por Yanina Panzera y Ruben Pérez, colaboradores de Genética Evolutiva y Virología de la Facultad de Ciencias de la Universidad de la República, ya llevan varios trabajos publicados en revistas internacionales. El último fue en la revista PLOS ONE por su relevancia mundial: se encontró un único linaje uruguayo del virus que provoca la covid-19 que presenta deleciones consecutivas “las que evidencian el potencial de variabilidad genética de los genes accesorios”. O, en otras palabras, es un mecanismo de evolución “novedoso” para que el virus sobreviva y siga expandiéndose entre potenciales hospederos.

“Este virus nos ha sorprendido a todos. La capacidad de cambio de los coronavirus era algo que nosotros conocíamos –Pérez estudia los coronavirus hace 15 años, en particular, aquellos que afectan a las aves de granja–. Pero el SARS-CoV-2 cambia más rápido de lo que sospechábamos. Pero pudimos analizar en detalle su evolución y encontramos una forma que no es común en otro lado”, comentó Pérez.

Panzera añadió: “Estudiamos cómo se adapta al nuevo ambiente”. El público general puede entender que Ómicrom reemplazó a las variantes anteriores, pero a los genetistas les interesa saber cómo evolucionó hasta el momento, cómo y qué cambió y qué hará en el futuro y si lo hará de una forma diferente a otros coronavirus y no solamente para los humanos. En definitiva, es adelantarse en el tiempo.

Expliquemos varios conceptos. Una deleción es una pérdida de material genético. Esto no quiere decir que se trata de un error del coronavirus, sino una estrategia. “Esa pérdida (del número de aminoácidos) tiene una utilidad. La pérdida es parte de la evolución”, explicó Pérez. La otra forma de evolucionar y que es más frecuente es cambiar los aminoácidos de las proteínas para que estas sean distintas y “generar más descendientes y transmitirse lo más posible”. Sea la más o menos común, las dos estrategias son para generar más variabilidad.

En enero de 2021 lo que se informaba después de 13 secuencias completas del virus SARS-CoV-2 es que había una deleción en una región del virus distinta a la afectada por las variantes Alfa, Beta y Gamma. Las cambios de las cepas extranjeras estaban localizadas en la proteína de la espícula (proteína S o Spike) que es la que permite que el virus entre en las células humanas. Los cambios observados en Alfa, por ejemplo, incluían deleciones (pérdida de nucleótidos en el ARN viral) y sustituciones (cambios de un nucleótido por otro).

La investigación original reveló una deleción en el gen ORF7 en dos secuencias previamente descritas en un brote ocurrido en un centro médico. Se detectó otra deleción en el gen ORF6 en siete secuencias que no habían sido reportadas en el país y que estaban presentes en pacientes relacionados y no relacionados epidemiológicamente.

“Lo que encontramos ahora (en más de 100 secuencias de la población uruguaya) es que el virus continúa deleteando en una posición y después ocurre una nueva deleción. Y lo interesante es que esta nueva deleción unió dos genes ORF. Cada gen codifica una proteína pero el virus al acortar el final de uno y el inicio del otro genera una nueva proteína que es una mezcla de las dos anteriores y esto ese conoce como deleciones consecutivas y ocurre en los genes accesorios”, apuntó Pérez.

¿Qué son los genes accesorios? Son genes que, para empezar, modulan la respuesta inmune de alguna forma, pero lo hacen en la naturaleza; si se eliminan en el laboratorio, el virus continúa siendo viable.

“Nadie aún tiene muy claro exactamente la función porque este virus está continuamente bajo estudio. Sí se sabe que afecta el sistema inmune del hospedero pero sobre cómo lo hace exactamente hay algunas dudas”, añadió el experto.

Pero el estudio publicado ahora en PLOS ONE da una pista: al menos en Uruguay el SARS-CoV-2 es capaz de evolucionar acortando su genoma, “no solo perdiendo material hereditario, sino combinando la información de dos genes para dar proteínas nuevas. Eso es lo llamativo”.

¿Especiales? ¿Panzera y Pérez tienen alguna hipótesis de porqué ocurre esto entre los uruguayos entre los millones de contagios por covid-19 en el mundo si tenemos en cuenta que en comparación el nivel de secuenciación es muy bajo? “No creo que seamos especiales”, advirtió.

Más bien es que se realizan secuenciaciones completas en las que no se automatizan las deleciones. Otros países no les dan importancia y la tecnología no está entrenada para leer esa falta de material en los genes porque está enfocada en conocer la variante que está en circulación. Pero el interés de estos dos científicos es conocer su evolución y, en la medida de lo posible, conocer si infectados cercanos tiene las mismas u otras deleciones. Para eso se trabaja con la Dirección de Laboratorios del Ministerio de Salud Pública para rastrearlas a través del hilo epidemiológico. “Es un trabajo detectivesco”, resumió el especialista.

Él y su colega preparan nuevas publicaciones: nuevos resultados de deleciones, presencia del virus SARS-CoV-2 en mascotas e interacción del virus con otras enfermedades respiratorias. En estos momentos, Panzera y Pérez están dictando un curso de secuenciacion genómica en México.