CIENCIA

Otro hallazgo uruguayo sobre el coronavirus: una variabilidad genética

Facultad de Ciencias descarta la presencia de variantes extranjeras en el país, pero se encontraron otros cambios en el genoma

Test de coronavirus. Foto: Reuters.
Test de coronavirus. Foto: Reuters.

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Variante en investigación número 01, de diciembre de 2020 o VUI-202012/01. Este es el nombre de la variante del SARS-CoV-2 que se expandió con rapidez por Londres y sur de Inglaterra hasta convertirse en la dominante. De ahí saltó a 60 países, según la Organización Mundial de la Salud (OMS). Se la considera entre 50% y 70% más contagiosa que el coronavirus original pero no tiene una letalidad mayor.

A esta se le sumó la variante sudafricana, o E484K, que se ha visto que reduce 10 veces la efectividad del suero convaleciente, afectando la producción de anticuerpos en los pacientes.

Y desde Manaos, Brasil, apareció P.1., que llegó hasta Japón y Alemania, y que recibe el mismo comentario que las anteriores: una cuestión de gran preocupación en momentos en los que se inicia la vacunación en varios países del mundo.

Hasta el momento, estas variantes no están presentes en Uruguay. La buena noticia la determinó un estudio de muestras de pacientes diagnosticados y pertenecientes a diferentes brotes realizado por investigadores de la sección Genética Evolutiva de la Facultad de Ciencias de la Universidad de la República.

El equipo, liderado por Yanina Panzera y Ruben Pérez, obtuvo 13 secuencias completas del virus SARS-CoV-2 a través de un método rápido y económico que se transfirió a los técnicos de la Dirección de Laboratorios de Salud Pública y que, por su parte, analizaron otras 50 secuencias sin rastros de las variantes. El número asciende a 100 si se agregan lo realizado por investigadores. “Esto es un inicio pero por el que podemos decir que las variantes no están presentes”, apuntó Pérez.

Lo que sí se encontró es que muchas muestras de pacientes uruguayos compartían una variante hasta ahora no descripta y que le valió al equipo la aprobación para su publicación en una revista científica internacional. Se trata de una deleción –pérdida de material genético– en una región del virus distinta a la afectada por las variantes inglesa, sudafricana y brasilera.

Los cambios de las cepas extranjeras están localizados en la proteína de la espícula (proteína S o Spike) que es la que permite que el virus entre en las células humanas. “Esta interacciona también con los anticuerpos generados por el sistema inmune por lo que tiene un rol antigénico relevante”, apuntó Pérez, quien trabaja con distintos coronavirus de aves desde hace 15 años.

Los cambios observados en la variante inglesa, por ejemplo, incluyen deleciones (pérdida de nucleótidos en el ARN viral) y sustituciones (cambios de un nucleótido por otro).

“Este virus, como los virus con ARN, cambia muy rápido. Tiene 30 mil letras y, de pronto, observás un cambio en una letra; eso se llama variante genética. Esas variantes genéticas van a ocurrir siempre y sucede en todos los países y en todos los virus”, explicó a El País.

La mayoría de las variaciones son neutrales; es decir, no afectan la adaptabilidad del virus y casi nunca cambian el curso de la enfermedad. Pero los estudios genéticos permiten relevar esta variabilidad para la eventual detección de algún cambio relevante y son también muy útiles para realizar seguimiento epidemiológico de los casos.

Las deleciones, al producir cambios en el número de aminoácidos, pueden generar cambios en la superficie de la proteína S, particularmente la deleción de tres nucleóticos que involucra un sitio de unión de anticuerpos.
Las deleciones encontradas por el equipo uruguayo no se ubican en la espícula, sino en otra región.

“En lugar de cambiar una sola letra, por ejemplo, pierde más; y con esto nosotros estudiamos cómo evolucionan los virus”. Esto fue hallado en el gen ORF7a en dos secuencias previamente descritas en un brote ocurrido en un centro médico. Se detectó otra deleción en el gen ORF6 en siete secuencias, que no había sido reportada en el país. “Esta delación se encontró en virus de pacientes relacionados y en pacientes no relacionados epidemiológicamente”, dijo Pérez. Una deleción no es tan frecuente como las variantes genéticas.

El experto indicó cuál es la importancia del hallazgo: “Si encontramos esa delación en otros virus sabemos que están relacionados biológicamente y podemos seguir cómo fue saltando de una persona a la otra”.

Ahora, el equipo continúa con la secuenciación de otras muestras para identificar o seguir descartando la presencia de las variantes en el país.

Desde el inicio se puso a punto un ensayo de PCR que permite amplificar una región informativa del genoma de SARS-CoV-2 e identificar las variantes de forma rápida y a bajo costo. Una secuenciación completa cuesta entre US$ 200 y US$ 250; la técnica que fue transferida al MSP cuesta US$ 20. En caso de que se encuentre la variante inglesa sudafricana o brasilera (u otra) se debe realizar el procedimiento más oneroso.

“Este virus ha sido un cambio de paradigma. Es algo totalmente nuevo. Esta el momento hay 400 mil genomas secuenciados (que reúne Global Initiative on Sharing All Influenza Data); ningún virus en la historia se secuenció tanto. Nosotros no encontramos esas variantes que podrían tener más riesgos. Seguimos relevando y notificaremos cuando las encontremos. Ojalá que no”, concluyó Pérez.

Salto de especies.

Ruben Pérez estudia los coronavirus hace 15 años; en particular, aquellos que afectan a las aves de granja.

“Trabajamos con el virus de la bronquitis infecciosa aviar; es muy parecido en estructura y demás al SARS-CoV-2”, dijo a El País. Y añadió: “Lo que vemos acá es lo que se llama salto de especie: del murciélago a humanos. Y apasó con el SARS-CoV-1 en 2003 y con el MERS en 2012 que estuvieron más restringidos; entonces no se les dio tanta importancia. Pero este coronavirus no es el primer caso y no va a ser el último”.

La responsabilidad la tiene el hombre, a juicio del científico, puesto que los saltos de especies ocurren por su acción directa. “Esa es la cruda verdad que a veces no queremos ver. El hombre tiene mucho que ver en este proceso de transferencia de virus, por poner en contacto especies que no deberían estar en contacto, porque interactúa con la fauna silvestre sin tener cuidado. Estos compromisos sanitarios, tienen por origen el comportando del hombre con la naturaleza”, reflexionó.

El currículo infeccioso de la familia de los murciélagos incluye también los virus de Hendra y Marburg y, el más clásico, la rabia. También se maneja la hipótesis de que el reservorio del Ébola puede ser una especie de murciélago. Este animal tiene mayor tolerancia y mayor resistencia a los virus.

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