Quizás como la última consecuencia del conflicto con Argentina por las papeleras, la prefectura de Colonia todavía no deja navegar libremente por el río San Juan, que bordea el Parque Nacional Anchorena, la estancia presidencial. La prohibición está vigente desde 2006 por orden de Tabaré Vázquez.
Entonces se argumentaron razones de seguridad. En 2006 el entonces subsecretario del Ministerio de Defensa, José Bayardi, reconoció que también se habían limitado los vuelos que pasaban sobre la residencia presidencial.
Los reclamos por su reapertura, se escucharon en el Parlamento. En abril de 2006, el diputado nacionalista Luis Alberto Lacalle Pou recordó en cámara que "aproximadamente 400 embarcaciones deportivas acuden durante Semana Santa al río y ahí anclan". En 2008, el senador Carlos Moreira se sumó al reclamo. Pero sigue igual.
La libre navegación estuvo también prohibida durante la dictadura, luego de que Aparicio Méndez, por entonces presidente, se encontrara casualmente con un grupo de argentinos haciendo un asado en el parque.