Una tercera investigación en curso llevada a cabo por las actuales autoridades del Ministerio de Defensa Nacional tiene que ver con una irregularidad ocurrida en el manejo de viáticos percibidos por un funcionario civil de la Dirección Nacional de Aviación Civil e Infraestructura Aeronáutica (Dinacia) que se trasladó al exterior. Según el expediente, esta persona ya fue separada de su cargo. El ministro Rosadilla informó a los medios que se iniciaron los trámites correspondientes ante el Poder Legislativo para su destitución como funcionario público.
En marzo, cuando asumió Rosadilla, en el Ministerio había una investigación interna -en paralelo con la Justicia sobre el manejo de fondos en el exterior. Se levantó el secreto bancario sobre una cuenta radicada en el Dresdner Bank Lateinamerika AG, de Alemania, que era manejada por oficiales navales en el exterior. Según una investigación de la Auditoría Interna de la Nación (AIN) la fuerza naval administró unos US$ 30 millones recibidos entre 2006 y enero de 2009 por su participación en las fuerzas de paz de ONU.
El ministro de Defensa, Luis Rosadilla, anunció que cuatro oficiales navales fueron apartados de sus cargos al encontrárselos implicados en la supuesta compra de una grúa y una máquina de prueba de motores que nunca llegaron a la institución. El comandante en jefe de la Armada, Óscar Debali, admitió que la imagen de la institución "está dañada" debido a este caso. La jueza de crimen organizado Graciela Gatti solicitó el levantamiento del secreto bancario de los oficiales de la Armada involucrados en estas irregularidades.