El Mercado Agrícola pasó a ser gestionado por la Intendencia Municipal de Montevideo en setiembre de 2006. Según Beatriz Silva, la actual directora del Mercado, a partir de ese momento se comenzó a trabajar en la limpieza, seguridad y en tratar de ordenar el edificio y su entorno. "Empezamos a replantearnos la recuperación de un monumento histórico, porque era el único mercado que nos iba quedando", explicó Silva.
Fue así que se armó un anteproyecto pero sin recursos porque como el Mercado había estado concesionado no entró en el Plan Quinquenal. La situación se mantuvo hasta que la Junta Departamental aprobó dinero.
En ese momento el Mercado se presentó a un llamado que hubo de la Agencia Española de de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID), y participó con más de 140 mercados de todo el mundo. Junto a un mercado de Costa Rica, Uruguay fue el ganador del concurso.
Silva explicó que el proyecto "se trataba no solo de recuperar el mercado sino también el barrio. Estuvimos trabajando más de un año con todos los papeles que hay que llenar pero a todo eso no nos quedamos sentados, seguimos trabajando y fuimos ganando espacios que se habían perdido", aseguró.
La directora comentó que a partir de marzo comenzarán con las obras en el techo del mercado, pero explicó que como es patrimonio histórico tiene que quedar igual.