A las dificultades que ha presentado la reforma tributaria en esta etapa primera de implementación se ha sumado el problema de las interpretaciones contradictorias que emanan desde áreas del Ministerio de Economía. El caso de la Suprema Corte de alguna manera replica lo que pasó en el Ministerio de Defensa. Más allá de los argumentos jurídicos, el máximo órgano se orientó por un instructivo de la Contaduría General de la Nación que aceptaba que las partidas para perfeccionamiento académico no debían ser gravadas con el IRPF. La Corte había consultado por las partidas de vivienda que se aplican en los casos en que los jueces son designados en diferentes destinos en el país y tienen residencia obligatoria. La Contaduría no se expidió y la Corte asumió que podía excluir esta partida del gravamen porque contaba, además, con fundamentos legales para ello.
En Defensa fue un instructivo de Contaduría que llevó a un primer planteo del director del sector financiero de que se gravaban las partidas de alimentación y vivienda de una gran porción de la tropa. Pero la DGI tuvo otro criterio, lo consideró un viático sujeto a rendición de cuentas, y la situación se zanjó en beneficio de Defensa.